神明社 天照皇大神
天神社 菅原道真公
中島社 天之水分神・国之水分神
神社台帳によると、安永改革の際、境内の阿弥陀堂・鐘堂（弘安四年銘洪鐘）および二王門を撤した跡に御手洗池を掘り、その中島に天之水分神・国之水分神を祀り、嘉永の頃には別社水神社と称していた。
明治維新の頃、仮に本殿に合祀したが昭和１９年３月２４日、内務大臣の許可を得て、境内社として社殿の造営が計画されていた。
終戦後神社官制の廃止によって遂にその完成を見ないまま今日に至っている。
稲荷社 宇迦之御魂神
飛州三沢記」に「一宮水明神往古より七宮なり」とあり、その一宮に稲荷社が見えている。
その後御本社へ合祀されてあったが、昭和２４年４月２日境内稲荷坂に新たに社殿を造営して遷宮した。
一宮氏子で稲荷講を結成奉祀、更に平成６年１１月５日に新社殿を改築造営した。
白川神社 菊理姫命 白川村尾神・福島の両郷に鎮座した白山神社を御母衣ダム工事による水没に伴ない、末社として境内に奉遷する。
○右回廊奉祀末社
八幡社 気長足姫命、誉田別尊、大鶴尊
春日社 天児屋根命
諏訪社 健御名方富命
藤森社 崇道盡敬皇帝（舎人親王）
五條社 少名彦命
蛭児社 蛭児神
槻本社 槻本神 式内８社 高山市丹生川町山口字月本鎮座
荏名社 荏名神 式内８社 高山市江名子町字塩屋鎮座
大津社 大津神 式内８社 飛騨市神岡町大字船津字寺之上鎮座
荒城社 荒城神 式内８社 高山市国府町大字宮地宮垣内鎮座
高田社 高田神 式内８社 飛騨市古川町大字太江字神垣内鎮座
阿多由太社 阿多由太神 式内８社 高山市国府町大字木曾垣字牧戸鎮座
栗原社 栗原神 式内８社 高山市上宝町大字宮原字栗原鎮座
愛宕社 軻遇突智神
白山社 白山比咩神
子安社 木花咲夜比売神
厳島社 湍津姫命・市杆嶋姫命・田心姫命
族結社 泉津事解之男神・速玉之男神
天満社 菅原道真公
麻績社 天衣織女
小島郷鎮護社 小島郷鎮護神 旧細江村の全部、旧宮川村川東
小鷹利郷鎮護社 小鷹利郷鎮護神 旧小鷹利村の高野を除く全部、旧河合村全部、旧宮川村の川西全部
高原郷鎮護社 高原郷鎮護神 神岡町、旧上宝村
阿多野郷鎮護社 阿多野郷鎮護神 旧高根村、旧朝日村の全部、久々野町の内小屋名、辻、大西、柳島、久須母
小坂郷鎮護社 小坂郷鎮護神 小坂町（門坂、岩崎、無数河、大島、小坂、坂下、長瀬、赤沼田、落合、湯屋、大洞）
上呂郷鎮護社 上呂郷鎮護神 萩原町（上呂、宮田、大ヶ洞、奥田洞、尾崎、四美）
萩原郷鎮護社 萩原郷鎮護神 萩原町（萩原、桜洞、上村、花池、中呂、西上田）、下呂町東上田
中呂郷鎮護社 中呂郷鎮護神 萩原町（跡津、羽根、古関、野上）
下呂郷鎮護社 下呂郷鎮護神 下呂町の内東上田を除く全部・門原
竹原郷鎮護社 竹原郷鎮護神 下呂町竹原
下原郷鎮護社 下原郷鎮護神 金山町下原、下呂町上原、中原、門原を除く全部
馬瀬郷鎮護社 馬瀬郷鎮護神 旧馬瀬村全部
○左回廊奉祀末社
多賀・熊野・月夜見 社 伊邪那伎命・伊邪那美命・月夜見命
津島社 素佐鳴命・稲田宮主命・奇稲田姫命
事勝国勝・天穂日・祓戸 社 猿田彦命・天穂日命・祓戸四柱命
五行五徳・八州守護 社 久々能智神・迦具土神・埴安神・金山彦神・水波能売神・神衹官八神
龍田・広瀬・貴船・加茂 社 志那津彦神・志那津姫神・宇迦能比売神・高竃神・加茂御祖神
香取・鹿島・稲荷 社 経津主神・武甕槌神・宇迦之御魂神
大歳・走淵 社 大歳神 式外１０神 古川町大字杉崎大歳鎮座
走淵神 式外１０神 神岡町大字数河灘見鎮座
四天王・遊幡石 社 四天王神 式外１０神 高山市漆垣内東ヶ洞鎮座
遊幡石神 式外１０神 神岡町大字麻生野字石神鎮座
度瀬・道後 社 度瀬神 式外１０神 国府町大字広瀬コウ平鎮座
道後神 式外１０神 高根村上ヶ洞鎮座
気多若宮・本母国津 社 気多若宮神 式外１０神 古川町上気多鎮座
本母国津神 式外１０神 高山市本母町中長鎮座
剣緒・加茂若宮 社 剣緒神 式外１０神 国府町大字三川寿平鎮座
加茂若宮神 式外１０神 神岡町大字殿オカモ鎮座
大山衹・綿津見・水戸・木工・金工 社 大山衹神・綿津見神・速秋津比売神・手置帆負神・彦比狭知神・天目一箇神
酒解・染殿・天神地衹 社 酒弥豆男神・酒弥豆女神・酒解子神・竜田比女神・天神地衹
久々野郷鎮護社 久々野郷鎮護神
宮村全部、久々野町（山梨、久々野、無数河）萩原町山之口
灘郷鎮護社 灘郷鎮護神
高山市（片野、石浦、千島、花里、西之一色、上岡本、下岡本、七日町、桐生、本母、冬頭、松本、江名子、一之町、二之町、三之町、川西全、春国）
河内郷鎮護社 河内郷鎮護神
久々野町（引下、小坊、木賊洞、長淀、渚、有道、阿多粕）
大八賀郷鎮護社 大八賀郷鎮護神
高山市（旧大八賀村全部）
小八賀郷鎮護社 小八賀郷鎮護神
丹生川村（山口、町方、坊方、北方、大谷、瓜田、法力、殿垣内、小木曾、大萱、下坪、下保、細越、桐山、新張、小野、根方、白井、芦谷、板殿、日面、日影、塩屋、駄吉、旗鉾、久手、岩井谷、池之俣）
三枝郷鎮護社 三枝郷鎮護神 高山市（前平、赤保木、上切、中切、下切）
川上郷鎮護社 川上郷鎮護神
高山市（下林、山田、下之切、新宮、八日町）・清見村（三日町、 牧ヶ洞、藤瀬、福寄、三ツ谷、下本、坂下、有巣、二俣、中野、楢谷、大原）
白川郷鎮護社 白川郷鎮護神
荘川村、白川村の全部
小鳥郷鎮護社 小鳥郷鎮護神
清見村（上小鳥、夏厩、二本木、池本、江黒、大谷）
広瀬郷鎮護社 広瀬郷鎮護神
国府町（三川、上広瀬、広瀬町、村山、金桶、糠塚、名張、瓜巣）
荒城郷鎮護社 荒城郷鎮護神
国府町（山本、鶴巣、三日町、桐谷、木曾垣内、半田、八日町、漆垣内、蓑輪、今、西門前、東門前、宮地）丹生川村（柏原、三之瀬、森部、大沼、折敷地）
古川郷鎮護社 古川郷鎮護神
古川町（是重、町方、上北、中北、下北、高野、畦畑）国府町（宇津江）
信濃国西筑摩郡福島町字伊谷 水無神社 元県社
同 下伊那郡阿知村字伍和 同 無格社
越中国婦負郡神通村（笹津） 同 元村社
同 富山市宮保牧田 水舞神社 同
美濃国恵那郡加子母村 水無神社 同
同 同 付知町 同 同
同 武儀郡武儀町富之保 同 同
同 同 武儀町中之保 同 同
同 関市 大野町 同 同
飛騨国大野郡丹生川村新張 元龍神神社 無格社
同 吉城郡古川町是重 元水無神社 貴船神社合祀
同 同 神岡町打保 水無神社 無格社
同 同 同 東漆山 同 元村社
同 同 国府町名張 一宮神社 元郷社
同 大野郡荘川村中野 同 元村社
（水没の為白川村荻町白川八幡神社合祀）
同 同 宮村奥組 大森神社 無格社
出羽国鶴岡市三瀬字越戸 水無神社 同
高山市七日町 飛騨総社 元県社
同 石浦町 若宮八幡神社 元村社
久々野町西洞 八幡神社 同
下呂町森 水無八幡神社 同
金山町下原中津原 同 元郷社
神明社 天照皇大神
天神社 菅原道真公
中島社 天之水分神・国之水分神
神社台帳によると、安永改革の際、境内の阿弥陀堂・鐘堂（弘安四年銘洪鐘）および二王門を撤した跡に御手洗池を掘り、その中島に天之水分神・国之水分神を祀り、嘉永の頃には別社水神社と称していた。
明治維新の頃、仮に本殿に合祀したが昭和１９年３月２４日、内務大臣の許可を得て、境内社として社殿の造営が計画されていた。
終戦後神社官制の廃止によって遂にその完成を見ないまま今日に至っている。
稲荷社 宇迦之御魂神
飛州三沢記」に「一宮水明神往古より七宮なり」とあり、その一宮に稲荷社が見えている。
その後御本社へ合祀されてあったが、昭和２４年４月２日境内稲荷坂に新たに社殿を造営して遷宮した。
一宮氏子で稲荷講を結成奉祀、更に平成６年１１月５日に新社殿を改築造営した。
白川神社 菊理姫命 白川村尾神・福島の両郷に鎮座した白山神社を御母衣ダム工事による水没に伴ない、末社として境内に奉遷する。
○右回廊奉祀末社
八幡社 気長足姫命、誉田別尊、大鶴尊
春日社 天児屋根命
諏訪社 健御名方富命
藤森社 崇道盡敬皇帝（舎人親王）
五條社 少名彦命
蛭児社 蛭児神
槻本社 槻本神 式内８社 高山市丹生川町山口字月本鎮座
荏名社 荏名神 式内８社 高山市江名子町字塩屋鎮座
大津社 大津神 式内８社 飛騨市神岡町大字船津字寺之上鎮座
荒城社 荒城神 式内８社 高山市国府町大字宮地宮垣内鎮座
高田社 高田神 式内８社 飛騨市古川町大字太江字神垣内鎮座
阿多由太社 阿多由太神 式内８社 高山市国府町大字木曾垣字牧戸鎮座
栗原社 栗原神 式内８社 高山市上宝町大字宮原字栗原鎮座
愛宕社 軻遇突智神
白山社 白山比咩神
子安社 木花咲夜比売神
厳島社 湍津姫命・市杆嶋姫命・田心姫命
族結社 泉津事解之男神・速玉之男神
天満社 菅原道真公
麻績社 天衣織女
小島郷鎮護社 小島郷鎮護神 旧細江村の全部、旧宮川村川東
小鷹利郷鎮護社 小鷹利郷鎮護神 旧小鷹利村の高野を除く全部、旧河合村全部、旧宮川村の川西全部
高原郷鎮護社 高原郷鎮護神 神岡町、旧上宝村
阿多野郷鎮護社 阿多野郷鎮護神 旧高根村、旧朝日村の全部、久々野町の内小屋名、辻、大西、柳島、久須母
小坂郷鎮護社 小坂郷鎮護神 小坂町（門坂、岩崎、無数河、大島、小坂、坂下、長瀬、赤沼田、落合、湯屋、大洞）
上呂郷鎮護社 上呂郷鎮護神 萩原町（上呂、宮田、大ヶ洞、奥田洞、尾崎、四美）
萩原郷鎮護社 萩原郷鎮護神 萩原町（萩原、桜洞、上村、花池、中呂、西上田）、下呂町東上田
中呂郷鎮護社 中呂郷鎮護神 萩原町（跡津、羽根、古関、野上）
下呂郷鎮護社 下呂郷鎮護神 下呂町の内東上田を除く全部・門原
竹原郷鎮護社 竹原郷鎮護神 下呂町竹原
下原郷鎮護社 下原郷鎮護神 金山町下原、下呂町上原、中原、門原を除く全部
馬瀬郷鎮護社 馬瀬郷鎮護神 旧馬瀬村全部
○左回廊奉祀末社
多賀・熊野・月夜見 社 伊邪那伎命・伊邪那美命・月夜見命
津島社 素佐鳴命・稲田宮主命・奇稲田姫命
事勝国勝・天穂日・祓戸 社 猿田彦命・天穂日命・祓戸四柱命
五行五徳・八州守護 社 久々能智神・迦具土神・埴安神・金山彦神・水波能売神・神衹官八神
龍田・広瀬・貴船・加茂 社 志那津彦神・志那津姫神・宇迦能比売神・高竃神・加茂御祖神
香取・鹿島・稲荷 社 経津主神・武甕槌神・宇迦之御魂神
大歳・走淵 社 大歳神 式外１０神 古川町大字杉崎大歳鎮座
走淵神 式外１０神 神岡町大字数河灘見鎮座
四天王・遊幡石 社 四天王神 式外１０神 高山市漆垣内東ヶ洞鎮座
遊幡石神 式外１０神 神岡町大字麻生野字石神鎮座
度瀬・道後 社 度瀬神 式外１０神 国府町大字広瀬コウ平鎮座
道後神 式外１０神 高根村上ヶ洞鎮座
気多若宮・本母国津 社 気多若宮神 式外１０神 古川町上気多鎮座
本母国津神 式外１０神 高山市本母町中長鎮座
剣緒・加茂若宮 社 剣緒神 式外１０神 国府町大字三川寿平鎮座
加茂若宮神 式外１０神 神岡町大字殿オカモ鎮座
大山衹・綿津見・水戸・木工・金工 社 大山衹神・綿津見神・速秋津比売神・手置帆負神・彦比狭知神・天目一箇神
酒解・染殿・天神地衹 社 酒弥豆男神・酒弥豆女神・酒解子神・竜田比女神・天神地衹
久々野郷鎮護社 久々野郷鎮護神
宮村全部、久々野町（山梨、久々野、無数河）萩原町山之口
灘郷鎮護社 灘郷鎮護神
高山市（片野、石浦、千島、花里、西之一色、上岡本、下岡本、七日町、桐生、本母、冬頭、松本、江名子、一之町、二之町、三之町、川西全、春国）
河内郷鎮護社 河内郷鎮護神
久々野町（引下、小坊、木賊洞、長淀、渚、有道、阿多粕）
大八賀郷鎮護社 大八賀郷鎮護神
高山市（旧大八賀村全部）
小八賀郷鎮護社 小八賀郷鎮護神
丹生川村（山口、町方、坊方、北方、大谷、瓜田、法力、殿垣内、小木曾、大萱、下坪、下保、細越、桐山、新張、小野、根方、白井、芦谷、板殿、日面、日影、塩屋、駄吉、旗鉾、久手、岩井谷、池之俣）
三枝郷鎮護社 三枝郷鎮護神 高山市（前平、赤保木、上切、中切、下切）
川上郷鎮護社 川上郷鎮護神
高山市（下林、山田、下之切、新宮、八日町）・清見村（三日町、 牧ヶ洞、藤瀬、福寄、三ツ谷、下本、坂下、有巣、二俣、中野、楢谷、大原）
白川郷鎮護社 白川郷鎮護神
荘川村、白川村の全部
小鳥郷鎮護社 小鳥郷鎮護神
清見村（上小鳥、夏厩、二本木、池本、江黒、大谷）
広瀬郷鎮護社 広瀬郷鎮護神
国府町（三川、上広瀬、広瀬町、村山、金桶、糠塚、名張、瓜巣）
荒城郷鎮護社 荒城郷鎮護神
国府町（山本、鶴巣、三日町、桐谷、木曾垣内、半田、八日町、漆垣内、蓑輪、今、西門前、東門前、宮地）丹生川村（柏原、三之瀬、森部、大沼、折敷地）
古川郷鎮護社 古川郷鎮護神
古川町（是重、町方、上北、中北、下北、高野、畦畑）国府町（宇津江）
信濃国西筑摩郡福島町字伊谷 水無神社 元県社
同 下伊那郡阿知村字伍和 同 無格社
越中国婦負郡神通村（笹津） 同 元村社
同 富山市宮保牧田 水舞神社 同
美濃国恵那郡加子母村 水無神社 同
同 同 付知町 同 同
同 武儀郡武儀町富之保 同 同
同 同 武儀町中之保 同 同
同 関市 大野町 同 同
飛騨国大野郡丹生川村新張 元龍神神社 無格社
同 吉城郡古川町是重 元水無神社 貴船神社合祀
同 同 神岡町打保 水無神社 無格社
同 同 同 東漆山 同 元村社
同 同 国府町名張 一宮神社 元郷社
同 大野郡荘川村中野 同 元村社
（水没の為白川村荻町白川八幡神社合祀）
同 同 宮村奥組 大森神社 無格社
出羽国鶴岡市三瀬字越戸 水無神社 同
高山市七日町 飛騨総社 元県社
同 石浦町 若宮八幡神社 元村社
久々野町西洞 八幡神社 同
下呂町森 水無八幡神社 同
金山町下原中津原 同 元郷社
